#클라나드 아버지와의 사이에 약간의 문제를 안고 있는 불량소년 오카자키 토모야는, 그 날도 벚꽃이 흐드러지게 피어 있는 학교로 오르는 언덕길을 올려다보며 한숨을 쉬고 있었다. 매일 반복되는 일상에 지친 토모야는 다른 아이들처럼 학교 생활에서 즐거움을 느끼지 못하고 혼자만 붕 떠 있었다. 그러던 어느날 평소와 다름없는 내키지 않는 등굣길의 언덕 아래에서 한 소녀와 만나게 된다. 후루카와 나기사라는 이름의 소녀는 토모야에게 이렇게 말한다. "아무리 해도 이 언덕길을 올라갈 수가 없어, 그러니 함께 올라가 주지 않을래?"라고... 나기사는 토모야와…